В то время, когда молодые люди экспериментировали, стремясь как можно больше времени проводить в чудном царстве моря, наверху зарождалась фашистское общество, которое впоследствии стало основной причиной войны. Война оставила больше всего вопросов в биографии великого натуралиста, и довольно неприятный след.
Как только война началась, всех военных моряков, в том числе и наших «мушкетеров» отправили на корабли, причем всех на разные. Но они не так уж долго пробыли в море – в 1940 году между странами было заключено своеобразное перемирие. Проще говоря, чуть меньше чем через год после вступления в войну Франция подписала полную капитуляцию. Все военные были возвращены из моря, почти все корабли затоплены, и война пока была прекращена. И пусть оккупация в Европе была намного более цивилизованной, чем в странах СССР, но это была оккупация. Как только будущий натуралист вернулся из моря, он сразу же решил обеспечить безопасность своей семье. Он забрал детей и свою жену, и увез их подальше от Германии, на запад страны. Здесь им предстояло пережить самое трудное время XX века.
Не смотря на то, что Командору посвящены не десятки а даже сотни книг и статей, это время его жизни обычно почти не затрагивается, и оставляет множество белых пятен и вопросов. Скорей всего его не трогали не из уважения к нему лично, а из-за его старшего брата, о котором также немногие упоминают. Просто потому, что он был нацистом и поддерживал рейх, а также был весьма влиятельным журналистом. Благодаря, скорей всего, именно ему уже в 1942 году семья переехала в Марсель, где работа была продолжена.
Самое странное в этом периоде жизни натуралиста – это то, что его никто не трогал. Он был разведчиком сопротивления, создавал то, что могло в корне изменить диверсионную работу и создать новый тип подводной войны. И его никто не только не тронул, но даже если верить его собственным книгам, даже не пытался завербовать. Благодаря такому странному стечению обстоятельств многие пытаются найти подтверждение его работе на одну из разведок, но пока это только предположения. Скорей всего это еще долго останется секретом.